【nodejs原理&源码杂记(8)】Timer模块与基于二叉堆的定时器(nodejs 原理)
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2022-05-29
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。
本文档以“vcftools-0.1.16”为例进行说明
1 安装准备
华为云购买一台鲲鹏服务器
本文以云服务器KC1实例搭建,云服务器配置如表1-1所示。
表1-1 云服务器配置
项目
说明
规格
kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB
磁盘
系统盘:高IO(40GB)
操作系统要求如表1-2所示。
表1-2 操作系统要求
项目
说明
下载地址
CentOS
7.6
在公共镜像中已提供。
Kernel
4.14.0
在公共镜像中已提供。
2 配置编译环境
yum install autoconf dh-autoreconf automake zlib-devel
3 安装
1) 获取源码
cd /usr/local/src wget https://github.com/vcftools/vcftools/archive/v0.1.16.tar.gz -O vcftools-0.1.16.tar.gz
2) 编译安装
tar -zxvf vcftools-0.1.16.tar.gz cd vcftools-0.1.16 ./autogen.sh ./configure –prefix=/usr/local/vcftools make -j4 make install
3) 配置vcftools环境
在文件/etc/profile末尾添加如下内容。
export PATH=/usr/local/vcftools/bin:$PATH
按Esc,并且输入wq!保存退出。
输入如下命令,使环境变量生效。
source /etc/profile
4 运行和验证
test目录下有很多例子,通过输入如下命令,进行测试。
cd /usr/local/src/vcftools-0.1.16/examples vcftools --vcf shuffle-test.vcf --missing-site --out ms
当系统回显类似如下信息是,表示vcftools能够正常使用。
VCFtools (0.1.16) (C) Adam Autom and Anthony Marchetta 2009 Parameters as interpreted: --vcf shuffle-test.vcf --out ms --missing-site After filtering, kept 2 out of 2 Individuals Outputting Site Missingness After filtering, kept 6 out of a possible 6 Sites Run Time = 0.00 seconds
鲲鹏 基因测序
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