基因测序：鲲鹏kc1源码方式安装软件vcftools

vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，其中很多过滤及计算功能可以自己使用perl或者python编写脚本实现，但都不如这个工具的运算速度快。

本文档以“vcftools-0.1.16”为例进行说明

1       安装准备

华为云购买一台鲲鹏服务器

本文以云服务器KC1实例搭建，云服务器配置如表1-1所示。

表1-1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2   | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘：高IO（40GB）

操作系统要求如表1-2所示。

表1-2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0

在公共镜像中已提供。

2       配置编译环境

yum install autoconf dh-autoreconf automake zlib-devel

3       安装

1)         获取源码

cd /usr/local/src wget https://github.com/vcftools/vcftools/archive/v0.1.16.tar.gz -O vcftools-0.1.16.tar.gz

2)         编译安装

tar -zxvf vcftools-0.1.16.tar.gz cd vcftools-0.1.16 ./autogen.sh ./configure –prefix=/usr/local/vcftools make -j4 make install

3)         配置vcftools环境

在文件/etc/profile末尾添加如下内容。

export PATH=/usr/local/vcftools/bin:$PATH

按Esc，并且输入wq!保存退出。

输入如下命令，使环境变量生效。

source /etc/profile

4       运行和验证

test目录下有很多例子，通过输入如下命令，进行测试。

cd /usr/local/src/vcftools-0.1.16/examples vcftools --vcf shuffle-test.vcf --missing-site --out ms

当系统回显类似如下信息是，表示vcftools能够正常使用。

VCFtools (0.1.16) (C) Adam Autom and Anthony Marchetta 2009 Parameters as interpreted:         --vcf shuffle-test.vcf         --out ms         --missing-site After filtering, kept 2 out of 2 Individuals Outputting Site Missingness After filtering, kept 6 out of a possible 6 Sites Run Time = 0.00 seconds

鲲鹏 基因测序

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