鲲鹏云服务器移植bowtie

Bowtie是一个快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列对比至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。

建议的版本

建议使用版本为“bowtie 1.2.3”。

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试，云服务器配置如表 云服务器配置所示。

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘：高IO（40GB）

操作系统要求

操作系统要求如表 操作系统要求所示。

项目

说明

-

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

安装相关依赖。

yum install gcc gcc-c++ zlib-devel -y

获取“bowtie 1.2.3”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/BenLangmead/bowtie/archive/v1.2.3.zip

解压并进入源码目录。

unzip v1.2.3.zip

cd bowtie-1.2.3

修改Makefile文件。

vim Makefile

修改后(加粗为新增加内容，其余的内容不变)。

BITS=32

ifeq (x86_64,$(shell uname -m))

BITS=64

endif

ifeq (aarch64,$(shell uname -m))

BITS=64

endif

# msys will always be 32 bit so look at the cpu arch instead.

ifneq (,$(findstring AMD64,$(PROCESSOR_ARCHITEW6432)))

ifeq (1,$(MINGW))

BITS=64

endif

endif

ifeq (1,$(LINUX))

ifeq (x86_64, $(shell uname -p))

BITS=64

endif

endif

ifeq (32,$(BITS))

$(error bowtie2 compilation requires a 64-bit platform )

endif

#DEBUG_FLAGS = -O0 -g3 -m64

#RELEASE_FLAGS = -O3 -m64

#NOASSERT_FLAGS = -DNDEBUG

#FILE_FLAGS = -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_GNU_SOURCE

M64_FLAG := -m64

ifeq (aarch64,$(shell uname -m))

M64_FLAG :=

endif

添加环境变量。

export NO_TBB=1

export POPCNT_CAPABILITY=0

编译Bowtie。

make -j4

添加环境变量。

vim /etc/profile

将如下内容写入文件最后一行。

export PATH=/usr/local/src/bowtie-1.2.3:$PATH

保存并退出，然后执行如下命令是环境变量生效。

source /etc/profile

查看Bowtie版本信息。

bowtie --version

回显类似如下信息表示Bowtie安装成功。

/usr/local/src/bowtie-1.2.3/bowtie-align-s version 1.2.364-bit...

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