基因测序：鲲鹏kc1源码方式安装软件BCFtools

BCFtools是一组实用程序，以Variant Call Format（VCF）及其二进制副本BCF处理变量调用。 所有命令都可以与未压缩和BGZF压缩的VCF和BCF透明地一起使用。

1       安装准备

华为云购买一台鲲鹏服务器

本文以云服务器KC1实例搭建，云服务器配置如表1-1所示。

表1-1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2   | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘：高IO（40GB）

操作系统要求如表1-2所示。

表1-2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0

在公共镜像中已提供。

2       配置编译环境

yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel -y

3       安装

1)         获取源码

cd /usr/local/src wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.9/bcftools-1.9.tar.bz2

2)         编译安装

tar -jxvf bcftools-1.9.tar.bz2 cd bcftools-1.9 ./configure --prefix=/usr/local/bcftools make -j4 make install

3)         配置bcftools环境

在文件/etc/profile末尾添加如下内容。

export PATH=/usr/local/bcftools/bin:$PATH

按Esc，并且输入wq!保存退出。

输入如下命令，使环境变量生效。

source /etc/profile

4       运行和验证

测试数据。

“test”目录下有很多例子，通过输入如下命令，进行测试。

cd /usr/local/src/bcftools-1.9 make test

当系统回显类似如下信息是，表示BCFtools测试成功。

Number of test:     total   .. 823     passed  .. 823     failed  .. 0

鲲鹏

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