鲲鹏云服务器移植subread

简要介绍

一种通用的read对比软件，它可以对比基因组DNA-seq和RNA-seq的reads，也可以用于发现基因组突变，包括短插入确实和结构变异。

建议的版本

建议使用版本为“subread-2.0.1”。

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试，云服务器配置如表 云服务器配置所示。

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘：高IO（40GB）

操作系统要求

操作系统要求如表 操作系统要求所示。

项目

说明

-

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

安装相关依赖。

yum install -y zlib-devel

获取“subread-2.0.1”源码包。

cd /usr/local/

wget https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.0.1/subread-2.0.1-source.tar.gz/download -O subread-2.0.1.tar.gz

解压并进入源码包。

tar -zxvf subread-2.0.1.tar.gz && cd subread-2.0.1-source

修改Makefile文件。

分别修改“src/Makefile.Linux”和“src/longread-one/Makefile”文件，将“CCFLAGS”设置的“-mtune=core2”删除。

vim src/Makefile.Linux

vim src/longread-one/Makefile

修改前

CCFLAGS = -mtune=core2 ${MACOS} -O${OPT_LEVEL} -Wall  -DMAKE_FOR_EXON  -D MAKE_STANDALONE -D SUBREAD_VERSION=\"${SUBREAD_VERSION}\"  -D_FILE_OFFSET_BITS=64

修改后

CCFLAGS =  ${MACOS} -O${OPT_LEVEL} -Wall  -DMAKE_FOR_EXON  -D MAKE_STANDALONE -D SUBREAD_VERSION=\"${SUBREAD_VERSION}\"  -D_FILE_OFFSET_BITS=64

编译subread。

cd /usr/local/subread-2.0.1-source/src

make -j4 -f Makefile.Linux

设置环境变量。

将“export PATH=/usr/local/rsem/bin:$PATH”写入“/etc/profile”文件最后一行。

vim /etc/profile

export PATH=/usr/local/subread-2.0.1-source/bin:$PATH

source /etc/profile

查看subread版本信息。

subread-align -v

回显如下信息则表示subread安装成功。

Subread-align v2.0.1

鲲鹏

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