基因数据分析软件迁移-rstudio-server

安装rstudio需要优先准备R语言环境，R语言环境准备请参考，推荐安装4.1+版本：

https://ic-openlabs.huawei.com/chat/#/

下载rstudio源码包到本地

wget -c https://github.com/rstudio/rstudio/archive/refs/tags/v1.4.1717.zip -O rstudio.zip

解压源码包

unzip rstudio.zip

进入解压目录

cd rstudio-1.4.1717

进入依赖安装目录

cd dependencies/linux

注释install-dependencies-yum行47、48行内容(yum源暂不包含，需要手工安装)

修改rstudio-1.4.1717/dependencies/common/install-npm-dependencies为如下(默认下载的npm包为x86包)

安装ant

参考：https://ic-openlabs.huawei.com/chat/#/

如果是root用户，必须执行这条命令去除脚本中的sudo

sed -i 's/^sudo//' ./install-dependencies-yum

执行命令安装依赖

./install-dependencies-yum

退出到rstudio-1.4.1717，创建并进入构建目录

mkdir build

cd build

执行编译(推荐指定安装目录)

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/yourpath/rstudio-1.4.1717 -DRSTUDIO_TARGET=Server -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release

make -j 96

make install

执行启动前配置

运行rstudio需要rstudio-server(默认)用户，因此需要创建用户

useradd rstudio-server

拷贝认证文件

cp /yourpath/rstudio-1.4.1717/extras/pam/rstudio /etc/pam.d/

给认证文件赋权

chmod 744 /etc/pam.d/rstudio

拷贝启动文件

cp /yourpath/rstudio-1.4.1717/extras/systemd/rstudio-server.service /usr/lib/systemd/system/

systemctl daemon-reload

运行rsession打开会话需要普通用户，创建一个会话运行用户

useradd test

给会话运行用户设置密码

echo 123456 | passwd --stdin test

关闭防火墙

systemctl stop firewalld

！！！需要给rstudio的安装目录,R的安装目录及子目录赋读写执行权限(用户rstudio-server,test)！！！

启动rstudio

systemctl start rstudio-server.service

检查8787端口是否监听

netstat -antupl | grep 8787

访问(http://ip:8787,登入用户：test，密码：123456)

备注：

编译安装对网络要求较高，网络条件有限情况下，可以按需购买一台香港的云服务器，执行依赖安装后(步骤11)依赖会下载到/opt/rstudio-tools目录下，将此目录打包保存，后续编译将包解压到目的服务器上，解压到/opt/目录，则可无需依赖访问谷歌等网络需求

基因测序

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