基因数据分析软件迁移-cellranger

背景：

cellranger因源码只开源到3.0.2版本,且3.0.2版本在跑cellranger count基因分析结果出图表报告使用到tsne算法，cellranger官网提供的cellranger二进制包，发现tsne算法实现较开源tsne算法有做扩展，主要体现在bh_sne函数上。但是这部分扩展3.0.2版本并未给出实现，因此，本次cellranger采用华为自研华为动态二进制翻译工具（ExaGear）部署.

操作系统需要修改PAGESIZE大小为4K，否则会出现如下错误

查看当前操作系统pagesize大小

getconf PAGESIZE

下载kernel源码包(http://vault.centos.org/7.6.1810/os/Source/SPackages/ )

wget https://vault.centos.org/7.6.1810/os/Source/SPackages/kernel-alt-4.14.0-115.el7a.0.1.src.rpm

详情可参考(https://ic-openlabs.huawei.com/chat/#/,鲲鹏小智查找"修改pagesize")

安装exagear(安装4k版本，https://support.huaweicloud.com/ug-exagear-kunpengdevps/kunpengexagear_06_0003.html)

下载exagear安装包

wget https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng/archive/ExaGear/ExaGear_1.2.1.1.tar.gz

解压软件包

tar -xf ExaGear_1.2.1.1.tar.gz

进入exagear for centos安装包目录

cd ExaGear_1.2.1.1/ExaGear_Server_for_Centos7/release

安装4k包

sudo rpm -ivh exagear-utils-1773-1.noarch.rpm exagear-core-x64a64-1773-1.aarch64.rpm exagear-core-x32a64-1773-1.aarch64.rpm exagear-guest-for-centos-7-x86_64-1773-1.noarch.rpm exagear-integration-1773-1.noarch.rpm

进入exagear环境确认pagesize为4k版本

exagear

getconf PAGESIZE

因测试数据在host侧，因此本次采用共享目录的方式，将测试数据和cellranger二进制包共享到guest侧,(以数据文件在本地目录为例/opt/cellranger)

将/opt/cellranger目录添加到共享列表(/opt/exagear/images/centos-7-x86_64/.exagear/vpaths-list)中，注意目录要以"/"结尾。

在guest环境中创建同名目录(/opt/cellranger)，有其他数据需要共享，也同样配置。

运行cellranger count

exagear -- /opt/cellranger/cellranger cout --id=tiny ...

至此，cellranger安装完毕

PS：共享目录还有另外一种方式

此种方式，需要保证guest侧目录绝对路径与host侧绝对路径相同，否则cellranger结果目录会生成在guest的根目录下

基因测序

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