基因数据分析软件迁移-monocle3

安装devtools

install.packages("devtools")

按提示安装libgit2-devel

yum install -y libgit2-devel

再次执行步骤1，devtools安装成功

执行monocle3安装

devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3', ref="develop")

出现如上报错：安装gdal-config，下载软件包

wget https://github.com/OSGeo/gdal/archive/refs/tags/v3.3.3.tar.gz -o gdal-3.3.3.tar.gz

解压软件包

tar –xf gdal-3.3.3.tar.gz

进入解压目录

cd gdal-3.3.3/gdal/

执行编译

./autogen.sh

./configure --with-python=/usr/bin/python3

提示需要安装PROJ，下载软件包

wget https://github.com/OSGeo/PROJ/archive/refs/tags/8.1.1.tar.gz -o PROJ-8.1.1.tar.gz

解压软件包

tar –xf PROJ-8.1.1.tar.gz

进入解压目录

cd PROJ-8.1.1

执行编译安装

./autogen.sh

./configure && make && make install

13.切换到步骤7 gdal 目录

./configure --with-python=/usr/bin/python3

make –j 96

需要安装numpy，推荐优先安装pip，下载软件包

wget https://files.pythonhosted.org/packages/ce/ea/9b445176a65ae4ba22dce1d93e4b5fe182f953df71a145f557cffaffc1bf/pip-19.3.1.tar.gz

解压软件包

tar –xf pip-19.3.1.tar.gz

进入解压目录

cd pip-19.3.1

执行安装

python3 setup.py install

安装numpy

pip install numpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

切换到gdal 目录,执行编译安装

make –j 16 && make install

验证gdal-config 安装成功

21.再次执行步骤4

遇到以上报错,安装如下依赖

yum install -y geos-devel udunits2-devel freetype-devel libpng-devel libtiff-devel libjpeg-turbo-devel

执行步骤4

安装依赖R包

BiocManager::install(c("batchelor","BiocParallel","DelayedMatrixStats"))

执行步骤4

验证

library("monocle3")

数据挖掘

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