基因数据分析软件迁移-inferCNV

包安装需要使用BiocManager，优先安装BiocManager

Install.package(“BiocManager”)

导入BiocManager包

library(BiocManager)

安装inferCNV

BiocManager::install("inferCNV")

安装出现如下错误

下载包到服务器本地，命令行安装

wget https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/infercnv_1.10.0.tar.gz

命令行执行安装

R CMD INSTALL infercnv_1.10.0.tar.gz

在rstudio console会话中使用install.packages(“包名”)安装以上依赖，若果遇到install.packages无法安装，则使用BiocManager::install(“包名”)安装

依赖中rjags 依赖JAGS, 步骤7方式安装会报错

需要安装JAGS后再返回安装rjags，下载JAGS到服务器本地

wget https://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/JAGS/4.x/Source/JAGS-4.3.0.tar.gz

解压软件包

tar -xf JAGS-4.3.0.tar.gz

进入解压目录

cd JAGS-4.3.0/

执行编译

./configure --enable-shared

提示需要安装lapack

yum install -y lapack lapack-devel

再次执行步骤12

编译安装

make && make install

再次执行rjags安装

Install.packages(“rjags”)

因为rsession是普通用户启动，权限不足，切换到linux(root用户) R命令行终端安装

安装完成后，回到rstudio 会话导入包

library("rjags")

可以看到无法访问安装好的JAGS库，需要为rsession 登入用户（test）添加JAGS的访问权限

赋权后导入成功

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