基因数据分析软件迁移-samtools

下载源码到本地服务器

wget https://github.com/samtools/samtools/archive/refs/tags/1.14.tar.gz -o samtools-1.14.tar.gz

解压软件包

tar –xf samtools-1.14.tar.gz

进入解压目录

cd samtools-1.14

samtools依赖htslib，需要将htslib下载到本地

下载htslib源码包

wget https://github.com/samtools/htslib/archive/refs/tags/1.14.tar.gz -o htslib-1.14.tar.gz

解压软件包

tar htslib-1.14.tar.gz

此工程同样依赖外部工程

将依赖下载到htslib源码包目录中

wget https://github.com/samtools/htscodecs/archive/refs/tags/v1.1.1.tar.gz -o hdscodes-1.1.1.tar.gz

解压hdscodes依赖，并将解压目录重命名为hdscodes

tar –xf hdscodes-1.1.1.tar.gz

mv hdscodes-1.1.1 hdscodes

在htdcodes工程目录下添加如下文件

执行编译（切换到samtools源码目录）

Autoheader

autoconf -Wno-syntax

./configure --with-htslib=./htslib-1.14

make && make install

最后将生成的samtools可执行文件拷贝到PATH路径即可

注意事项：

10-1. 如果有条件可以使用如下命令克隆htslib工程

git clone https://github.com/samtools/htslib.git --recursive

此方式无需手动添加version.h,步骤8可跳过

10-2. 如果出现如下错误，则表示htdscodes/htdscodes/version.h缺失,需要执行步骤8

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