Samtools（CentOS Linux）安装及常用命令详解

序列比对（将测序reads与已知序列信息的基因或基因组进行比对）是高通量测序数据分析中最重要的一环，无论是转录组还是重测序都是基于比对结果来进行后续各项分析的，比对结果格式比较常见的是sam和bam文件，例如转录组Tophat分析软件输出的比对结果为.bam文件，而重测序中BWA、bowtie等比对软件则主要输出为.sam文件。

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具软件，能够对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总，是处理sam和bam文件不可或缺的神器！

1.下载安装包

http://www.htslib.org/download/

2. 安装依赖

yum install bzip2-devel ncurses-libs ncurses-devel xz-devel zlib-devel

3.编译安装

tar xvf samtools-1.9.tar.bz2

cd samtools-1.9

./configure --prefix=/opt/samtools1.9

make

make install

4.配置环境变量

gedit ~/.bashrc

#Samtools1.9

export PATH=/opt/samtools1.9/bin:$PATH

source ~/.bashrc

5.运行：samtools

samtools常用命令详解

1. view

view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam（默认的）格式。

bam文件优点：bam文件为二进制文件，占用的磁盘空间比sam文本文件小；利用bam二进制文件的运算速度快。

view命令中，对sam文件头部的输入(-t或-T）和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。

Usage: samtools view [options] | [region1 [...]]

默认情况下不加 region，则是输出所有的 region.

Options: -b       output BAM

默认下输出是 SAM 格式文件，该参数设置输出 BAM 格式

-h       print header for the SAM output

默认下输出的 sam 格式文件不带 header，该参数设定输出sam文件时带 header 信息

-H       print header only (no alignments)

-S       input is SAM

默认下输入是 BAM 文件，若是输入是 SAM 文件，则最好加该参数，否则有时候会报错。

-u       uncompressed BAM output (force -b)

该参数的使用需要有-b参数，能节约时间，但是需要更多磁盘空间。

-c       Instead of printing the alignments, only count them and print the

total number. All filter options, such as ‘-f’, ‘-F’ and ‘-q’ ,

are taken into account.

-1       fast compression (force -b)

-x       output FLAG in HEX (samtools-C specific)

-X       output FLAG in string (samtools-C specific)

-c       print only the count of matching records

-L FILE  output alignments overlapping the input BED FILE [null]

-t FILE  list of reference names and lengths (force -S) [null]

使用一个list文件来作为header的输入

-T FILE  reference sequence file (force -S) [null]

使用序列fasta文件作为header的输入

-o FILE  output file name [stdout]

-R FILE  list of read groups to be outputted [null]

-f INT   required flag, 0 for unset [0]

-F INT   filtering flag, 0 for unset [0]

Skip alignments with bits present in INT [0]

数字4代表该序列没有比对到参考序列上

数字8代表该序列的mate序列没有比对到参考序列上

-q INT   minimum mapping quality [0]

-l STR   only output reads in library STR [null]

-r STR   only output reads in read group STR [null]

-s FLOAT fraction of templates to subsample; integer part as seed [-1]

-?       longer help

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