基因数据分析软件迁移-bwa

下载源码到本地服务器

wget https://github.com/lh3/bwa/archive/refs/tags/v0.7.17.tar.gz -o bwa-0.7.17.tar.gz

解压软件包

tar –xf bwa-0.7.17.tar.gz

进入解压目录

cd bwa-0.7.17

执行编译

make

此报错表示工程依赖SSE（x86）指令，针对此情况，鲲鹏推出AvxToNeon工程做出部分实现

克隆工程到本地

git clone https://github.com/kunpengcompute/AvxToNeon.git

拷贝所有.h后缀文件到/usr/include目录下

cp *.h /usr/include/.

再次进行编译

make

生成结果如上

将可执行文件拷贝到/usr/local/bin

cp bwa /usr/local/bin

验证结果

注意事项

由于AvxToNeon工程Tag处资源更新时间久远，且工程为定向开源，所以可能出现部分指令没有实现，会出现类似如下报错：

因此优先从工程目录下查找

将查找到的实现复制添加到/usr/include/emmintrin.h即可

基因测序

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