基因数据分析软件迁移-monocle

安装monocle（推荐使用新包monocle3）

devtools::install_github("cole-trapnell-lab/monocle-release@develop")

如果出现如上报错，查看BiocGenerics版本

packageVersion("BiocGenerics")

需要将BiocGenerics降为0.38.0,下载源码包(注意版本)

wget https://codeload.github.com/Bioconductor/BiocGenerics/zip/refs/heads/RELEASE_3_13 -o BiocGenerics-RELEASE_3_13.zip

解压软件包

unzip BiocGenerics-RELEASE_3_13.zip

进入解压目录

cd BiocGenerics-RELEASE_3_13

执行安装，并查看版本

R CMD INSTALL .

执行步骤1

stringr版本更新：str_join已经更名为str_c

步骤1安装失败，会在/tmp目录缓存下载回来的包(例如：/tmp/RtmpTVFExb/file707d838db7850/monocle_2.3.6.tar.gz)

进入目录/tmp/RtmpTVFExb/file707d838db7850/

解压monocle_2.3.6.tar.gz

tar –xf monocle_2.3.6.tar.gz

进入解压目录

cd monocle_2.3.6

修改R/plotting.R内容如下

608行：str_join修改为str_c

641行

执行安装

R CMD INSTALL .

注：在rstudio中使用需要以递归方式给R语言安装目录目录再次为rsession会话用户赋访问权限

验证

基因测序

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