鲲鹏云服务器移植SpeedSeq

简要介绍

Speedseq是一个快速基因组分析和注释的灵活框架，发表在Nature Method（http://www.nature.com/nmeth/journal/vaop/ncurrent/full/nmeth.3505.html）上封装了大量基因组分析的软件，比如比对软件BWA，calling SNP软件freebays，SV鉴定软件lumpy等。

开发语言：C

一句话描述：快速基因组分析和解析的框架

开源协议：MIT

建议的版本

根据实际需要选择版本，本文档以“speedseq 最新版”为例进行说明。

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试，云服务器配置如表 云服务器配置所示。

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘：高IO（40GB）

操作系统要求

操作系统要求如表 操作系统要求所示。

项目

说明

-

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

安装相关依赖

yum install -y gcc gcc-c++ make cmake python2 python2-numpy scipy gawk zlib zlib-devel bzip2-devel xz-devel ncurses-devel

安装HTSlib

安装cython

pip install cython

安装pysam

pip install cython

pip install pysam

获取“speedseq最新版”源码包。

cd /usr/local/src

git clone --recursive https://github.com/hall-lab/speedseq.git

进入speedseq目录

cd /usr/local/src/speedseq

下载“sse2neon.h”文件

wget https://github.com/jratcliff63367/sse2neon/archive/master.zip

unzip master.zip

mv ./sse2neon-master/SSE2NEON.h ./sse2neon-master/sse2neon.h

cp ./sse2neon-master/sse2neon.h ./src/bwa

修改“ksw.c”程序中引用的头文件，注释掉“#include ”，增加“#include "sse2neon.h"”，修改完成后，保存退出。

vim ./src/bwa/ksw.c

4.编译speedseq

make -j4

5.生成的speedseq工具加入环境变量

编辑/etc/profile

vim /etc/profile

在文件末尾加入如下内容：

export PATH="$PATH:/usr/local/src/speedseq/bin"

按Esc，输入wq！退出

环境变量生效

source  /etc/profile

执行如下命令，查看speedseq版本。

speedseq

回显信息如下，则表示speedseq安装成功。

故障排除

问题描述：

执行make，报“configure: error: cannot guess build type; you must specify one”错误。

问题原因：

通过截图看出，进入src/mbuffer，执行./configure --prefix=/usr/local/src/speedseq步骤时候，不能匹配到机器类型。

解决方法：

通过修改配置“config.sub”后，指定配置类型进行解决。

修改配置文件。

cd /usr/local/src/speedseq

vi ./src/mbuffer/config.sub

查找“x86”内容的位置，在其位置后面增加“aarch64”类型。

在“case $basic_machine in”区域的两个位置修改。

修改下述内容。

| x86 | xscale | xscalee[bl] | xstormy16 | xtensa \

修改后为：

| x86 | aarch64 | xscale | xscalee[bl] | xstormy16 | xtensa \

修改下述内容。

| x86-* | x86_64-* | xps100-* | xscale-* | xscalee[bl]-* \

修改后为：

| x86-* | aarch64-* | x86_64-* | xps100-* | xscale-* | xscalee[bl]-* \

修改Makefile

vim Makefile

修改生成mbuffer部分的脚本，在./configure后面加参数--host=aarch64 --build=aarch64，修改后内容如下：

鲲鹏

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