打不开公式编辑器(公式编辑器用不了)
669
2022-05-28
Pindel可以从下一代序列数据中以单基因分辨率检测大缺失、中等大小插入、倒位、串联重复和其他结构变异的断点。
云服务器要求
本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表 云服务器配置所示。
项目
说明
规格
kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB
磁盘
系统盘:高IO(40GB)
操作系统要求
操作系统要求如表 操作系统要求所示。
项目
说明
-
CentOS
7.6
在公共镜像中已提供。
Kernel
4.14.0-115
在公共镜像中已提供。
安装相关依赖
yum install git -y
安装HTSlib依赖。
yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel -y
安装HTSlib。
下面命令行中,“
cd /usr/local/src
wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.10.2/htslib-1.10.2.tar.bz2
tar -jxvf htslib-1.10.2.tar.bz2
cd htslib-1.10.2
./configure --prefix=
make -j4 && make install
ln -s /usr/local/lib/libhts.so.3 /usr/lib/libhts.so.3
sudo ldconfig
获取“pindel v0.2.5b8”源码包。
cd /usr/local/src
git clone https://github.com/genome/pindel.git
进入源码包。
cd pindel
编译Pindle。
下面命令行中,“
./INSTALL
查看Pindel版本信息。
./pindel -v
当系统回显类似如下信息是,表示Pindel安装成功。
Initializing parameters...
argument of -v lacking
Pindel verison 0.2.5b9,20160729.
Required oarameter -f/--fasta the reference genome sequences in fasta format needs to be set.
2 故障排除
问题描述:
执行时,提示信息如下:
[root@ecs ~] delly -vdelly: error while loading shared libraries: libhts.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
问题原因:
linux缺少动态连接库“.so”,或者动态链接库存在,但是路径不在系统搜索路径里,导致程序链接不到报错。
解决方法:
本文是由于安装HTSlib后,库“libhts.so.3”在“/usr/local/lib”目录下,导致系統无法判断该库放在哪个目录下。
可以采用如下办法解决。
ln -s /usr/local/lib/libhts.so.3 /usr/lib/libhts.so.3
sudo ldconfig
鲲鹏
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