openharmony移植案例与原理 - startup子系统之syspara_lite系统属性部件(1)
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2022-05-28
简要介绍
mirDeep2是用于在深度测序数据中鉴定未知和已知miRNA的软件包。此外,它可用于跨样品的miRNA表达谱分析。
建议的版本
根据实际需要选择版本,本文档以“mideep2-0.1.2”为例进行说明。
云服务器要求
本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表 云服务器配置所示。
项目
说明
规格
kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB
磁盘
系统盘:高IO(40GB)
操作系统要求
操作系统要求如表 操作系统要求所示。
项目
说明
-
CentOS
7.6
在公共镜像中已提供。
Kernel
4.14.0-115
在公共镜像中已提供。
安装相关依赖。
yum install -y gcc gcc-c++ make cmake perl-ExtUtils-CBuilder perl-ExtUtils-MakeMaker perl-Digest-MD5 perl-autodie perl-CPAN perl-CPAN-Meta-Requirements
安装相关perl包。
perl -MCPAN -e shell
进入命令终端,输入如下命令进行安装perl包。
install Compress::Zlib
安装过程中所有的询问全部输入回车。
获取“mideep2-0.1.2”源码包。
cd /usr/local/src
wget https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2/archive/v0.1.2.tar.gz
解压并进入源码包。
tar -zxvf v0.1.2.tar.gz && cd mirdeep2-0.1.2
修改安装脚本。修改地391行,在“./configure”后面加上“--buid=arm”。
vim install.p
修改前
'./configure --prefix=$dir/essentials/ViennaRNA-1.8.4/install_dir';
修改后
'./configure --build=arm --prefix=$dir/essentials/ViennaRNA-1.8.4/install_dir';
执行安装脚本。
perl install.pl
如果是首次安装,该命令需要连续执行两次。
重新加载环境变量。
source ~/.bashrc
重新安装bowtie,因为直接使用脚本安装无法成功安装bowtie,需要下载bowtie-1.2.3源码,更改Makefile文件重新编译。具体方法参考https://bbs.huaweicloud.com/blogs/174801
移除mideep2安装的bowtie相关文件
rm -rf /usr/local/src/mirdeep2-0.1.2/bin/bowtie*
执行测试脚本。
cd tutorial_dir/
bash run_tut.sh
执行完毕后会出现类似如下回显。
...
fasta and bed files have been created in subfolder mirna_results_11_06_2020_t_14_44_20
miRDeep runtime:
startrd: 14:44:20
ended: 14:45:05
total: 0h:0m:45s
...
鲲鹏
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