打不开公式编辑器(公式编辑器用不了)
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2022-05-28
STAR-Fusion是一款基于STAR比对结果进行融合基因鉴定的软件。
根据实际需要选择版本,本文档以“STAR-Fusion-v1.6.0”为例进行说明。
云服务器要求
本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表 云服务器配置所示。
项目
说明
规格
kc1.3xlarge.4 | 12vCPUs | 48GB
磁盘
系统盘:高IO(80GB)
操作系统要求
操作系统要求如表 操作系统要求所示。
项目
说明
-
CentOS
7.6
在公共镜像中已提供。
Kernel
4.14.0-115
在公共镜像中已提供。
安装相关依赖。
yum install perl-ExtUtils-MakeMaker perl-Data-Dumper perl-DB_File perl-JSON-XS -y
安装STAR-2.7.0f,参考https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpcs/kunpenghpcs_prtg_0022.html
安装samtools,参考https://www.huaweicloud.com/kunpeng/software/samtools.html
获取“STAR-Fusion-v1.6.0”源码包。
cd /usr/local/src
wget https://github.com/STAR-Fusion/STAR-Fusion/releases/download/v1.6.0/STAR-Fusion-v1.6.0.FULL.tar.gz
解压并进入进入源码包。
tar -zxvf STAR-Fusion-v1.6.0.FULL.tar.gz && cd STAR-Fusion-v1.6.0
编译STAR-Fusion。
make -j12
下载测试所需的文件。
cd /opt
wget https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTAT_RESOURCE_LIB/__genome_libs_StarFv1.6/GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play.tar.gz
tar -zxvf GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play.tar.gz
执行测试程序。
cd /usr/local/src/STAR-Fusion-v1.6.0/testing
gzip -d reads_1.fq.gz
gzip -d reads_2.fq.gz
../STAR-Fusion --left_fq reads_1.fq --right_fq reads_2.fq --genome_lib_dir /opt/GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play/ctat_genome_lib_build_dir --CPU 12
执行完毕后出在当先目录下生成一个“STAR-Fusion_outdir”目录,输出文件全部在该目录中,并且现如下回显。
* STAR-Fusion complete. See output: star-fusion.fusion_candidates.tsv(or .abridged.tsv version)
鲲鹏
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