鲲鹏云服务器源码安装BreakDancer

BreakDancer是一个C++软件包，可提供下一代配对末端测序读取的全基因组结构变异检测。它包括两个补充程序，BreakDancerMax预测五种类型的结构变异；BreakDancerMini专注于使用正态映射的读取对检测小插入缺失。

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试，云服务器配置如表 云服务器配置所示。

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘：高IO（40GB）

操作系统要求

操作系统要求如表 操作系统要求所示。

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

安装相关依赖。

yum install wget git cmake make zlib-devel ncurses ncurses-devel bzip2 gcc -y

安装gcc8.3。

请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpengcpl/gcc_01_0001.html安装。

获取“BreakDance”源码包。

cd /usr/local/src

git clone --recursive  https://github.com/genome/breakdancer.git

创建build目录。

cd breakdancer

mkdir build && cd build

创建Makefile文件。

cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/breakdancer

编译安装BreakDancer。

make -j4 && make install

查看可执行程序帮助信息。

/usr/local/breakdancer/bin/breakdancer-max --help

当系统回显类似如下信息是，表示BreakDancer安装成功执行成功。

breakdancer-max version 1.4.5-unstable-66-4e44b43-dirty (comit 4e44b43-dirty)

usage: breakdancer-max

Options:

-o STRING            operate on a single chromesome  [all chromosome]

-s INT               minimum length of a region [7]

...                  ...

鲲鹏

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