鲲鹏云服务器安装Oases

简要介绍

Oases是一个转录组组装器，旨在没有任何基因组组装的情况下从短读测序技术生成转录本。

一句话描述：基因组装软件

开源协议：GPL3.0

建议的版本

建议使用版本为“oases-0.2.09”

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试，云服务器配置如表 云服务器配置所示。

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘：高IO（40GB）

操作系统要求

操作系统要求如表 操作系统要求所示。

项目

说明

-

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

安装相关依赖

yum install -y git

获取“oases最新版本”源码包。

cd /usr/local

git clone --recursive https://github.com/dzerbino/oases

修改Makefile文件，将"/usr/local/oases/velvet/Makefile" CFLAG后面的“-m64”删除。

修改前

修改后

编译oases

make -j4

编译完成后会在oases目录下生成可执行程序oases.

设置软连接

ln -s /usr/local/oases/oases /usr/bin/oases

查看oases版本信息

oases --version

回显如下信息则表示subread安装成功

oases 0.2.09

鲲鹏

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