基因测序：鲲鹏kc1源码方式安装软件Oncotator

Oncotator是一种使用与癌症研究人员相关的数据来注释人类基因组点突变和插入缺失的工具。

1       安装准备

华为云购买一台鲲鹏服务器

本文以云服务器KC1实例搭建，云服务器配置如表1-1所示。

表1-1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2   | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘：高IO（40GB）

操作系统要求如表1-2所示。

表1-2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0

在公共镜像中已提供。

2       配置编译环境

安装依赖

yum install -y python-devel zlib-devel python-dateutil libpng-devel

安装ngslib

cd /usr/local/src easy_install --editable --build-directory . ngslib cd ngslib python setup.py install

3       安装Oncotator

cd /usr/local/src wget https://github.com/broadinstitute/oncotator/archive/v1.9.9.0.tar.gz -O oncotator-1.9.9.0.tar.gz tar -zxvf oncotator-1.9.9.0.tar.gz cd oncotator-1.9.9.0 python setup.py install

4       运行和验证

查看python所安装的库是否包含Oncotator。

pip list | grep Oncotator

查看版本

oncotator --version

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