openharmony移植案例与原理 - startup子系统之syspara_lite系统属性部件(1)
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2022-05-28
GMAP是mRNA和EST序列的基因组定位和比对程序。
云服务器要求
本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表 云服务器配置所示。
项目
说明
规格
kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB
磁盘
系统盘:高IO(40GB)
操作系统要求
操作系统要求如表 操作系统要求所示。
项目
说明
-
CentOS
7.6
在公共镜像中已提供。
Kernel
4.14.0-115
在公共镜像中已提供。
获取“gmap-2015-09-21”源码包。
cd /usr/local/src
wget http://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2015-09-21.tar.gz
解压并进入源码包。
cd /usr/local/src/
tar -zxvf gmap-gsnap-2015-09-21.tar.gz && cd gmap-2015-09-21/
配置生成Makefile。
./configure --prefix=/usr/local/GMAP --build=arm-linux
编译和安装。
make -j4 && make install
配置GMAP环境。
在文件“/etc/profile”末尾添加如下内容。
export PATH=$PATH:/usr/local/GMAP/bin
按“Esc”,并且输入“wq!”保存退出。
输入如下命令,使环境变量生效。
source /etc/profile
查看GMAP版本信息。
gmap --version
回显类似如下信息,代表GMAP安装成功。
GMAP version 2015-09-21 called with args: gmap --version
GMAP Genomic Mapping and Aligment Program
Part of GMAP package, version 2015-09-21
Build target: arm-unknown-linux-gnu
Features: pthreads enabled, alloca available, zlib available, mmap available, littleendian, sigaction available,64 bits available
Popcnt: builtin_popcount
Builtin functions: bultin_clz builtin_ctz builtin_popcount
...
鲲鹏
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