鲲鹏云服务器移植GMAP

GMAP是mRNA和EST序列的基因组定位和比对程序。

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试，云服务器配置如表 云服务器配置所示。

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘：高IO（40GB）

操作系统要求

操作系统要求如表 操作系统要求所示。

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

获取“gmap-2015-09-21”源码包。

cd /usr/local/src

wget http://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2015-09-21.tar.gz

解压并进入源码包。

cd /usr/local/src/

tar -zxvf gmap-gsnap-2015-09-21.tar.gz && cd gmap-2015-09-21/

配置生成Makefile。

./configure --prefix=/usr/local/GMAP --build=arm-linux

编译和安装。

make -j4 && make install

配置GMAP环境。

在文件“/etc/profile”末尾添加如下内容。

export PATH=$PATH:/usr/local/GMAP/bin

按“Esc”，并且输入“wq!”保存退出。

输入如下命令，使环境变量生效。

source /etc/profile

查看GMAP版本信息。

gmap --version

回显类似如下信息，代表GMAP安装成功。

GMAP version 2015-09-21 called with args: gmap --version

GMAP Genomic Mapping and Aligment Program

Part of GMAP package, version 2015-09-21

Build target: arm-unknown-linux-gnu

Features: pthreads enabled, alloca available, zlib available, mmap available, littleendian, sigaction available,64 bits available

Popcnt: builtin_popcount

Builtin functions: bultin_clz builtin_ctz builtin_popcount

...

鲲鹏

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