PyMOL | Pymol绘图教程(一)

网友投稿 1488 2022-05-30

Win10(64位)系统下安装Pymol(1.8.6)

Linux(CentOS 7)(64位)系统下安装Pymol(1.8.6)

Pymol(1.8.6)作图技巧之cartoon和surface镶嵌模型

Pymol(1.8.6)作图技巧之创建质心

Pymol | Pymol绘制GridBox图

PyMOL

PyMOL软件以Py+MOL命名:“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的,“MOL”表示它是用于显示分子(英文为molecule)结构的软件。为什么选择Pymol,因为它是强大的分子可视化软件,具有诸多优点:

高质量科学论文发表图形

动画制作

文档文件和会话文件并存

鼠标操作与命令行操作

免费的开放源码

缺点:

缺乏足够的文件资料

没有UNDO功能

功能不完善

PyMOL官网

https://pymol.org/2/

PyMOL维基

https://pymolwiki.org/index.php/Main_Page

Pymol基本操作

命令行操作

Pymol是区分大小写的,不过目前为止Pymol还是只用小写。

Pymol的命令都是由关键词(keyword)加上一些变量(argument)组成,格式如下:

Pymol> keyword argument

其中关键词(keyword) 如load、 zoom、 color、 set等等, 是必须的, ;

而变量则不是必须的,比如退出命令quit就不需要附加变量:

Pymol> quit

通常情况下需要加变量,当不加任何变量时, Pymol会默认一个变量all。

在Internal GUI中,我们经常要用鼠标对界面中的结构进行操作,所以我们一定要熟悉,All指所有的对象,(sele)是选择的对象按钮

A:代表对这个对象的各种action,

S:显示这个对象的某种样式,

H:隐藏某种样式,

L:显示某种label,

C:显示的颜色

对象选择

Pymol> load name.pdb, name # 载入pdb文件,并命名

Pymol> fetch object # 直接从网上下载,不用加后缀

#如果打开了多个PDB文件,想暂时关闭/打开某个对象,可以这样:

PyMOL | Pymol绘图教程(一)

Pymol> disable object-name Pymol> enable object-name

#删除选定的目标或者整个对象:

Pymol> delete selection-name Pymol> delete object-name

对象显示

Pymol> show representation #以不同方式显示蛋白质结构

Pymol> hide representation

Pymol>as representation #不论原来有多少种表示形式,只显示一种

其中representation可以为:cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。

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